Coordinar e integrar los procesos en materia de transporte marítimo, fluvial, la navegación civil marítima, la actividad e infraestructura portuaria, la industria naval y los otros servicios auxiliares y conexos, para satisfacer las necesidades públicas y con este fin cumple las funciones específicas siguientes:

1. Proponer y una vez aprobadas, implementar y controlar el cumplimiento de las Políticas concernientes a:

• El desarrollo planificado y de la eficaz prestación de los servicios del transporte marítimo, fluvial y lacustre y de sus servicios auxiliares o conexos en el mar territorial, la zona contigua, la zona económica exclusiva, las aguas interiores, los ríos, lagunas y embalses, conforme a las normas del derecho internacional;
• la adquisición, venta, construcción, explotación, mantenimiento, reparación, control, modificación y desactivación de los medios de transporte marítimo, fluvial y lacustre;
• la explotación, construcción, mantenimiento y reparación de la infraestructura portuaria y del resto del sistema del transporte marítimo portuario, incluyendo talleres navales, astilleros y otros centros relacionados;
• la investigación de los accidentes y otros sucesos marítimos relacionados con las violaciones de la seguridad marítima y la protección del medio ambiente;
• el abanderamiento de los buques, embarcaciones y artefactos nacionales o extranjeros, operados por personas naturales y jurídicas cubanas y la actividad de fletamento;
• el control del cumplimiento de las actividades de la seguridad del tráfico marítimo, incluyendo las relacionadas con la realización segura del servicio de practicaje, la supervisión del estado de la señalización marítima y otras relacionadas con la seguridad de la navegación, y
• los requerimientos de la formación, titulación y el servicio de guardia a bordo de los buques, incluyendo lo relacionado con los refrendos, títulos, certificados y otros documentos análogos que garanticen la aptitud para los cargos de la gente de mar.

2. Ejercer en el marco de su competencia, la administración pública marítima y portuaria en el sistema marítimo portuario del país y ante la comunidad marítima internacional.

3. Definir los objetivos e indicadores que permitan evaluar el avance del desarrollo planificado, identificar la información relativa al transporte marítimo, la seguridad marítima, la protección del medio marino y la actividad portuaria.

4. Promover la organización y ejecución de servicios que sean convenientes para la seguridad y la ayuda de la navegación marítima, fluvial y lacustre.

5. Participar en la evaluación del empleo eficiente de los medios de transporte marítimo en las transportaciones internacionales y de cabotaje.

6. Proponer los proyectos de construcción y obras a realizar en los puertos, terminales y demás instalaciones marítimas y portuarias, así como proponer el cierre o desactivación de aquellas instalaciones que no cumplan con los requisitos de seguridad;

7. Proponer el Plan de Desarrollo Portuario Nacional, en particular los programas de dragado en correspondencia con el desarrollo planificado de los puertos, controlar la conservación, desarrollo y modernización de las instalaciones portuarias y la preservación del medio ambiente marino y proponer la concesión administrativa con respecto a los terrenos e instalaciones marítimas y portuarias del recinto portuario.

8. Conciliar y proponer los intereses nacionales ante la Organización Marítima Internacional y controlar el cumplimiento de los convenios marítimos internacionales de los cuales el país es signatario, así como promover y atender la concertación de convenios y tratados intergubernamentales sobre transporte marítimo y desarrollo portuario

9. Ejecutar el control estatal por el Estado de Abanderamiento y por el Estado Rector del Puerto en los buques de pabellón cubano y extranjero respectivamente.

10. Investigar las causas y condiciones que provocan los siniestros y sucesos marítimos, fluviales y lacustres.

11. Coordinar a nombre del Estado y del Gobierno, la asistencia y salvamento de buques, embarcaciones y artefactos navales que representen un peligro para la seguridad de la navegación y el medio ambiente marino en las aguas jurisdiccionales, así como las acciones de su competencia, en el Sistema Aeronáutico y Marítimo de Búsqueda y Salvamento de la República de Cuba.

12. Evaluar, proponer y organizar los estudios de investigaciones sobre temáticas de su competencia;

13. Proponer el régimen tarifario para los servicios portuarios en función de la competitividad de los puertos, terminales y demás instalaciones portuarias;

14. Fiscalizar y coordinar las acciones de su competencia en el sistema aeronáutico y marítimo de búsqueda y salvamento de la República de Cuba;

15. Proponer y controlar la política de registro y certificación a buques, embarcaciones y artefactos navales de nacionalidad cubana que tengan por objeto su explotación comercial.

16. Fiscalizar, coordinar y controlar la ejecución de los planes y las decisiones que se adopten, relacionadas con la actividad socioeconómica ramal del transporte marítimo y la actividad portuaria y su aseguramiento, tanto en Tiempo de Paz, como al declararse el estado de guerra y la guerra.