La Administración Marítima de Cuba cuenta además, con cuatro (4) Administraciones Territoriales y un Grupo de Trabajo:

1. Administración Marítima Territorio Occidente.

2. Administración Marítima Territorio Mariel.

3. Administración Marítima Territorio Centro.

4. Grupo de Trabajo de Administración Marítima Territorio Centro-Este.

5. Administración Marítima Territorio Oriente.

Las Administraciones Marítimas Territoriales tienen las funciones específicas siguientes:

1. Controlar, en el ámbito de su competencia, la ejecución de las tareas correspondientes a aquellos acuerdos, convenios u otras disposiciones que hayan sido contraídas por la Administración Marítima de Cuba con otros organismos u organizaciones; establecer acuerdos territoriales para la ejecución de las tareas asignadas por la Dirección;

2. organizar el sistema de información y actuación de las Administraciones Territoriales para cumplimentar los planes de medidas para el caso de catástrofes y contingencias;

3. hacer cumplir las regulaciones sobre protección del medio ambiente, sobre el manejo de los desechos sólidos y el tratamiento de los residuos, así como dictar las medidas que sean necesarias para erradicar la contaminación y disminuir sus efectos;

4. participar en la elaboración de normas, procedimientos, regulaciones e instrucciones metodológicas relacionadas en todas las actividades de las diferentes especialidades;

5. ejecutar inspecciones de la supervisión estatal a buques de todas las categorías que incluyan dicha supervisión, de bandera cubana y extranjera; inspeccionar además plataformas, diques secos, flotantes y varaderos;

6. asesorar, en materia de su competencia, al nivel superior en los aspectos de carácter técnico concernientes a la actividad que atiende;

7. organizar el proceso de fiscalización y control de la explotación, mantenimiento y actividad de los puertos, terminales y demás instalaciones destinadas al tráfico marítimo portuario, incluyendo los clasificados como de segunda categoría e interés local enmarcados dentro de su región;

8. aprobar los proyectos de las obras de construcción, reconstrucción o ampliación de instalaciones marítimas o portuarias y de los dragados, sin perjuicio de la aprobación que corresponda a la Administración Marítima de Cuba, al Ministerio del Transporte y a otros organismos e instituciones;

9. proponer los proyectos de denominación, clasificación y habilitación de nuevos puertos, terminales e instalaciones portuarias, o la modificación de los ya existentes y solicitar el otorgamiento de una concesión administrativa con respecto a los terrenos e instalaciones marítimas y portuarias del recinto portuario;

10. controlar la gestión administrativa de los recintos portuarios constituido y las zonas del litoral correspondiente a su territorio, exceptuando las instalaciones destinadas a la señalización marítima;

11. garantizar el lugar o lugares donde se prestarán los servicios generales a los buques, sin perjuicio de las disposiciones que sean establecidas por las autoridades competentes, aprobando las reparaciones de buques en áreas de atraque o fondeo y disponer cuándo y qué buque, puede operar fuera de los horarios de trabajo establecidos;

12. elaborar y someter a la aprobación del Consejo de Administración o Comité de Operaciones según sea el caso, la propuesta de Reglamento de Operaciones y orden interno de los puertos; así como controlar su cumplimiento;

13. aprobar el Plan de Maniobra de los buques; el movimiento de buques atracados en forma y lugar autorizados cuando se requiera, para los buques sin operaciones comerciales;

14. controlar el movimiento u operación de los buques en la zona exterior del puerto;

15. implementar la estrategia ambiental correspondiente, el saneamiento y conservación de las aguas dentro del recinto portuario y el litoral del territorio, coordinando con el gobierno municipal o provincial, los organismos y órganos competentes según corresponda, las medidas pertinentes para evitar la contaminación;

16. controlar y dictaminar el mantenimiento y conservación de los terrenos e instalaciones que se hayan otorgado a personas naturales o jurídicas para su uso, operación y explotación;

17. presentar a la Administración Marítima de Cuba la propuesta fundamentada de los espacios terrestres y zonas de agua, así como de las instalaciones que conformarán el recinto portuario, incluyendo las destinadas a la ampliación o desarrollo del puerto;

18. atender y asesorar a los Comités de Operaciones e instalaciones que a este fin se les asignen de acuerdo a la región de responsabilidad, controlando el cumplimiento, por parte de estos, de las funciones previstas;

19. organizar y presentar a la Administración Marítima de Cuba los planes de inversiones validados por su Consejo de Administración y ejecutar los mismos una vez aprobados; y

20. investigar los sucesos y siniestros marítimos ocurridos en el territorio bajo su jurisdicción; controlando las medidas tomadas con los responsables.